《我不是特工》的结局仍然很幸福，反派马回龙和徐马内自然被淘汰，段思琪和薛云金终于又在一起了。在最后的结局中，段思琪和少廷进行了一次交谈，原来薛云金已经来找少廷，并安排了后事。这让段思琪很不舒服。少亭知道段思琪非常想救薛云锦，所以少亭也决定尽一切努力帮助段思琪。他们制定了一个计划，潜入马惠龙定制衣服的裁缝店，然后在衣服上涂上毒药。这种毒药不能杀死马辉龙，只会让他浑身发痒和疼痛。段思琪和他的团队在计划时，赵队长和小雨也成功购买了武器，康家军也按照计划迁出了城外。原计划很顺利，大家都聚集在城外，但段思琪坚持要救出薛云金。大家都抵挡不住段思琪，决定一起帮她救薛云锦。他们决定在马辉龙生日那天采取行动。因为当天马惠龙要招待客人，所以他不能分心，而且在他生日的时候，段思琪下药的衣服也会有效果。马辉龙生日那天，他刚穿上定制的衣服，就有人来报道这个消息。第一个消息是军火库被炸了，这让马辉龙的脸色变得极其灰暗。而且马上就有人报了康绍庭失踪的消息，这让马辉龙很生气，但他似乎无所畏惧。果不其然，段思琪去把薛云金从敌人的陷阱里救了出来。被押送过来的薛云金是假的，段思琪也被徐马娥抓住了，把她和薛云金锁在了一起。徐宗对这个设计很满意，抓住了段思琪。他骄傲地嘲笑薛云金和段思齐，但薛云金早已松开手铐，突然袭击并杀害了徐宗。他们一起逃走了，而此时，马辉龙一方也陷入了混乱。本来杨二是想除掉马辉龙的，因为这个时候的马辉龙已经没有什么用处了。然而，由于段思琪和薛云金的出现扰乱了局势，薛云金采取行动杀死了一直在犯罪的杨二。在这种混乱的局面下，马辉龙想趁机杀掉薛云金，却被段思齐阻止。段思琪捡起地上的碗，解决了马辉龙的问题。最后，所有的坏人都被淘汰了，好人的快乐日子自然而然地到来了。薛云金和段思琪终于修成了夫妻。整部电视剧的最终情节惊心动魄，但幸运的是，反派的死亡令人无比愉快，司琪和云锦也如愿以偿。
